如果题主所说的配子法指的是分支法(branching process)，那我且发表一下自己的愚见。
这是我之前自学遗传学时画的图(字与图太丑勿喷)，其分别代表了两种不同的计算策略。左图为棋盘法(punnett square)，右图为分支法(branching process)。
通过以上的棋盘，可以快速而又清晰的找到各表型与基因型在所有子代中的概率。然而棋盘法最大的缺点在于其只适用于计算对数较少时F2合子的概率。当基因对数为n时，棋盘中则有2^2n个棋盘格，若n=3时便已有64个棋盘格，无论是观察还是计算都十分繁琐复杂。
为了更加快速方便的计算拥有多对等位基因的F2的合子概率，采用分支法(或配子法)则更加快速简洁。分支法的数学原理是由于每对基因出现的概率跟另一对基因出现的概率是相互独立的，也就是说无论Y与y基因频率如何都不会影响到Rr，因此每对基因产生配子的概率相乘便能够得到F2中某一特定基因型与表型的概率。如本人本人所绘之图的右侧，若想得到AAbb在F2中所占的比例，只需要分别得出AA在F2中所占的比例(1/4)和bb在F2中所占的比例(1/4)，其乘积便是AAbb在F2中所占的比例(1/16)。而涉及到3对或3对以上的基因时，分支法仍然适用且方便，这是棋盘法所无法达到的。
总结一下，棋盘法更加简洁直观，适用于等位基因对数较少的情况。分支法(配子法)适用于计算对数较多时的情况。
对于随机交配，其本质就是在考虑种群中不同基因出现的频率。若其遵守遗传平衡定律(即Hardy-Weinberg定律)，则无论是使用配子法还是棋盘法，计算的过程都是一致的，核心都在于各基因的频率，只不过是在书写方式上存在一些差异，因此只有当计算多对等位基因存在时才会具有意义。例如下表则使用了棋盘法去计算种群中各基因型频率。
若精卵产生Y配子的概率为p，产生y配子的概率为q，那么根据棋盘法可以快速找到特定基因型在其种群中下一代所占的比例。与Yy豌豆自交时所绘制的棋盘不同的是：Yy自交时，产生Y配子的概率为50％，产生y配子的概率也为50％，因此其自交后代中，YY:Yy:yy = p^2 : (1/2) * 2pq : q^2 = 1:2:1，恰好其子代中各基因型所占的比例与配子结合的可能性完全一致。然而当p和q表示为种群中(即随机交配)产生Y和y配子的概率时，其往往不像Yy自交时p与q各自必为50％的概率(不考虑致死)，而是随机的。若某一种群中，所有可育个体能贡献出Y配子的概率为70％，贡献y配子的概率为30％，当其遵守遗传平衡定律时，YY = 0.7 * 0.7 = 0.49；Yy = 0.7 * 0.3= 0.21; yy = 0.3 * 0.3 = 0.09。此时其基因型比例为49:42:9，而不是25:50:25。
而对于配子法，其本质也是考虑某一个体产生雌雄配子时的概率或许有所不同。理想状态下产生雌雄配子的概率为1:1，而实际情况中或许可能为2:8、3:7等等，当计算特定基因型合子的产生概率时，则又回到了上图棋盘法中的公式，所以配子法和棋盘法的本质其实是相同的。个人认为，只有在求多对等位基因存在时子代特定基因型所占的比例时，棋盘法和配子法才能够表现出本质上的区别。当种群中配子产生A的概率为P(A)，产生a的概率为P(a)，产生B的概率为P(B)，产生b的概率为P(b)。根据YyRr自交时采用分支法的原理，P(A)/P(a)与P(B)/P(b)相互独立，若求AaBb在子代中所占的比例，仍可以采用P(Aa)*P(Bb)的算法，此时便能体现出分支法的快速高效。
最后，高中阶段所学遗传学一般不会考虑基因突变或致死所造成种群基因频率的改变，因为其计算过程过于复杂，如下图：
